Алгоритм действий:
1) Создать новый сайт в админ-панели сервера
2) В корень сайта вгрузить публичную часть нового сайта
3) В настройках сайтов прописать домен и сервер. Путь к сайту оставить равным "/"
4) Создать символические ссылки у нового сайта на старый bitrix & upload
(ln -s /dirold/ dirnew)
5) В новом сайте open_basedir разрешить доступ к папкам первого сайта
6) Для файлов на старом сайте установить права, разрешающие редактирование из другого пользователя, где это необходимо